Problematikou muzeí a galerií se na Ministerstvu kultury před rokem 1990 zabývalo oddělení muzeí a galerií, které bylo součástí tehdejšího Odboru ochrany přírody, památkové péče a muzeí a galerií. Po převedení agendy ochrany přírody na Ministerstvo životního prostředí koexistovala památková péče a muzea a galerie společně v rámci odboru památkové péče, muzeí a galerií, kde muzea a galerie spravoval referát muzeí a galerií. V jeho čele se do roku 1993 postupně vystřídali PhDr. Jiří Špét, CSc., PhDr. Pavel Klaban (1990-1991) a RNDr. Jiří Žalman (od 1991). V roce 1993 vzniklo samostatného oddělení muzeí a galerií a následně odbor muzeí a galerií (OMG), jehož ředitelem byl jmenován RNDr. Jiří Žalman.
Zřízení samostatného oddělení muzeí a galerií a následně odboru muzeí a galerií (OMG) bylo výsledkem rozsáhlých politických a společenských změn, které měly dopad i na oblast muzejnictví. Šlo zejména o přechod krajských muzeí a galerií do působnosti ministerstva po zrušení krajských národních výborů v letech 1990-1991, o výrazný nárůst agendy ochrany movitého kulturního dědictví v souvislosti s prudce stoupajícím počtem vloupání a krádeží po otevření hranic a o nezbytnost vytvoření nové legislativy.
V letech 1994-1999 vykonával OMG funkci zřizovatele ke 44 muzeím a galeriím, připravil a rozvíjel meziresortní projekt „Integrovaný systém ochrany movitého kulturního dědictví“ (ISO), připravil zákon o prodeji a vývozu předmětů kulturní hodnoty (zákon č. 71/1994 Sb.), organizoval předávání zahraničních zkušeností v oboru muzejnictví a připravoval zákon o ochraně sbírek muzejní povahy v úzké spolupráci s Asociací muzeí a galerií České republiky a Radou státních galerií, sdružujících většinu českých, moravských a slezských muzeí a galerií.
Přijetím zákona o ochraně sbírek muzejní povahy (zákon č. 122/2000 Sb.) a prováděcí vyhlášky Ministerstva kultury k němu (vyhláška č. 275/2000 Sb.) byl vytvořen legislativní rámec pro obor muzejnictví, jehož nedílnou součástí se stala Centrální evidenci sbírek (CES), jedinečný veřejnosti přístupný informační systém -seznam sbírek, které jsou spravovány podle zákona č. 122/2000 Sb., o ochraně sbírek muzejní povahy a o změně některých dalších zákonů. V souvislosti se vstupem České republiky do Evropské unie zpracoval OMG další zákony: zákon č. 101/2001 Sb., o navracení nezákonně vyvezených kulturních statků a zákon č. 214/2002 Sb., o vývozu některých kulturních statků z celního území Evropských společenství.
Rozšiřování agend OMG se odrazilo v organizační struktuře odboru, kde vedle sekretariátu ředitele byla zřízena dvě oddělení: ochrany movitého kulturního dědictví a oddělení muzeí a galerií, a rovněž v názvu odboru, který byl přejmenován na Odbor ochrany movitého kulturního dědictví, muzeí a galerií. Až do reorganizace agend vedl OMG do roku 2012 také agendu výzkumu a vývoje v muzeích a galeriích.
V roce 2000 OMG zpracoval svým významem mimořádný program „Rehabilitace památníků bojů za svobodu, nezávislost a demokracii“ a prosadil tak myšlenku nového, objektivního dokumentování našich moderních dějin 20. století směřující k vyrovnání se s minulostí. Program, který schválila vláda a finančně zajišťovalo Ministerstvo kultury, byl bezesporu přínosem pro muzealizaci dějin 20. století a významným příspěvkem k návratu paměti. Jeho realizací v letech 2000 - 2009 byly postupně rehabilitovány či zřízeny „Památník Lidice“, „Památník Terezín“, „Památník dr. Eduarda Beneše v Sezimově Ústí“, „Památník Vojna u Příbrami“, „Památník II. světové války v Hrabyni u Opavy“ a „Národní památník na Vítkově“. Prostřednictvím Muzea J. A. Komenského v Uherském Brodě, státní příspěvkové organizace v působnosti Ministerstva kultury, OMG zároveň zajistil účast státu na činnosti Muzea J. A. Komenského v Naardenu (Nizozemí).
Na základě reformy veřejné správy připravil OMG v roce 2001 přechod 29 muzeí a galerií z působnosti Ministerstva kultury do působnosti krajů. V rámci výkonu funkce zřizovatele státních muzeí a galerií OMG založil „Muzeum romské kultury“ v Brně jako další státní příspěvkovou organizaci Ministerstva kultury a po oboustranné dohodě převedl „Národní zemědělské muzeum“ do působnosti Ministerstva zemědělství. Rozšířil činnost Památníku Lidice o Národní kulturní památku - Pietní území Ležáky a Kulturní památku – Pietní místo Lety a podílel se na přípravě programu péče o národní kulturní poklad, v jehož rámci se financují rekonstrukce objektů či výstavba nových objektů pro národní muzea (Národní muzeum, Národní technické muzeum, Uměleckoprůmyslové museum, Památník národního písemnictví, Národní galerie v Praze…). Celkový počet státních příspěvkových organizací v gesci OMG v současnosti představuje 18 muzeí, galerií a památníků (podrobněji – viz přehled a odkazy v části Příspěvkové organizace, sekce Kulturní dědictví).
Pro obor muzejnictví OMG postupně zřídil při příspěvkových organizacích v působnosti Ministerstva kultury sedm specializovaných muzeologicko-metodických pracovišť, která poskytují informace, konzultace a služby vlastníkům a správcům sbírek muzejní povahy a dalším zájemcům a vydávají metodické pokyny a texty (podrobněji – viz Muzejní centra v sekci Kulturní dědictví).
V roce 2003 vypracoval OMG první a v roce 2010 druhou „Koncepci účinnější péče o movité kulturní dědictví“, jejichž naplňováním se podařilo přispět ke zkvalitnění péče o tuto významnou část českého kulturního dědictví a vytvořit podmínky pro další rozvoj oboru muzejnictví u nás. Následovalo schválení "Koncepce rozvoje muzejnictví v České republice v letech 2015 až 2020" a příprava dalších strategických a koncepčních materiálů v oblasti kultury.
Funkci ředitelů odboru (a později vedoucího samostatného oddělení) postupně vykonávali: RNDr. Jiří Žalman (1993-1999 a 2006-2007), Ing. Pavel Jirásek (1999-2006), Mgr. Zdeněk Novák (2006), Mgr. Tomáš Wiesner (2007-2010), PhDr. Magda Junková (2011-2013), Mgr. Pavel Hlubuček (2013-2019), Mgr. Dana Schlaichertová (2019-2020) a PhDr. Jan Holovský, Ph.D. (2020 - dosud).
V rámci systematizace Ministerstva kultury se odbor od 1.1.2020 změnil na samostatné oddělení muzeí.
