Příjmy církví a náboženských společností tvoří podle zákona č. 3/2002 Sb. zejména
Financování církví a náboženských společností, které měly do roku 2012 zvláštní právo být financovány na základě zákona č. 218/1949 Sb., o hospodářském zabezpečení církví a náboženských společností státem, ve znění pozdějších předpisů
Podle § 1 zákona č. 218/1949 Sb. stát poskytoval těm registrovaným církvím a náboženským společnostem, kterým bylo přiznáno oprávnění k výkonu zvláštního práva podle § 7 odst. 1 písm. c) zákona č. 3/2002 Sb., úhradu osobních požitků duchovních, působících jako zaměstnanci církví a náboženských společností. Celkový rozsah úhrady na tyto požitky stanovoval státní rozpočet, tj. zákony o státním rozpočtu schvalované pro každý kalendářní rok Poslaneckou sněmovnou Parlamentu ČR. V roce 2012 bylo takto financováno celkem 17 církví a náboženských společností:
K 1.1.2013 vstoupil v účinnost zákon č. 428/2012 Sb., o majetkovém vyrovnání s církvemi a náboženskými společnostmi, kterým byl dosavadní model financování církví a náboženských společností ukončen. Počínaje rokem 2013 je dotčeným církvím a náboženským společnostem, které uzavřely se státem smlouvu o vypořádání, ze státního rozpočtu vyplácena po dobu 30. let finanční náhrada (dle § 15 zákona č. 428/2012 Sb.) a po dobu 17 let (tzv. přechodné období) mají dotčené církve a náboženské společnosti nárok na příspěvek na podporu činnosti (dle § 17 zákona č. 428/2012 Sb.). V prvních třech letech přechodného období je příspěvek vyplácen v plné výši, od čtvrtého roku se jeho výše každoročně snižuje o 5% výchozí částky.
Financování církví a náboženských společností v oblasti školství, charitativní, sociální a zdravotní péče a opravy, obnovy a údržby kulturních památek
Částky finanční náhrady a příspěvky na podporu činnosti dosud vyplacené jednotlivým církvím a náboženským společnostem počínaje rokem 2013 jsou uvedeny v časové řadě zde
Církve a náboženské společnosti včetně jejich evidovaných právnických osob mají shodné možnosti financování jako jiné fyzické a právnické osoby od orgánů spravujících veřejné rozpočty v následujících oblastech:
Dotace na kulturní aktivity
Církve a náboženské společnosti mají možnost požádat o grant na své kulturní a náboženské aktivity z programů spravovaných odborem církví ministerstva kultury, o nichž je uvedena informace v sekci Dotace.